Выставление счета-фактуры с учетом недостачи

Добрый день! Подскажите пожалуйста, очень очень буду благодарна за помощь, мы торгующая организация фруктами и овощами на ОСНО, везем товар напрямую от поставщика нашего к покупателю, соответственно проводим у себя документы от поставщика (точнее только ТОРГ-12, так как счет-фактуру они выставляют в течении 5 дней с момента отгрузки), чтоб оформить отгрузочные документы в адрес нашего покупателя, при приемке товара покупателем обнаруживается недостача, мы оформляем так же в адрес нашего поставщика акт о расхождениях по количеству и качеству и нам поставщик в течении 5 дней с момента отгрузки  выставляет уже счет-фактуру за минусом этой недостачи, верно ли такое оформление со стороны поставщика? Корректировочные они нам не делают, а только вот счет-фактуру с учетом признанной недостачи. Буду очень благодарна в оказании помощи по данному вопросу!